{"id":5296,"date":"2023-06-15T15:25:13","date_gmt":"2023-06-15T13:25:13","guid":{"rendered":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/?p=5296"},"modified":"2023-06-16T12:22:56","modified_gmt":"2023-06-16T10:22:56","slug":"applikationsprofil","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/2023\/06\/15\/applikationsprofil\/","title":{"rendered":"Neues Applikationsprofil in Coscine"},"content":{"rendered":"

\"Abbildung<\/a>

Quelle: Eigene Darstellung<\/p><\/div><\/p>\n

Seit Kurzem steht in Coscine<\/a> ein neues Applikationsprofil f\u00fcr Pr\u00e4klinische Bildgebung (Preclinical Imaging) zur Verf\u00fcgung. Was dieses Profil kann, wie es entstanden ist und wie es genutzt werden kann, erfahren Sie in diesem Blogbeitrag.<\/p>\n

<\/p>\n

SFB 1382 Applikationsprofil<\/span><\/h3>\n

Innerhalb des Sonderforschungsbereiches 1382 Darm-Leber Achse haben Forschende und Data Stewards gemeinsam an einem Applikationsprofil gearbeitet, welches speziell f\u00fcr den Bereich Pr\u00e4klinische Bildgebung genutzt werden kann. Dieses Applikationsprofil ist einzigartig, da es mit drei weiteren Applikationsprofilen verbunden ist, um die Bildgebungsdaten f\u00fcr die Forschungsfrage zielgerichtet zu erfassen.<\/p>\n

Das \u00fcbergeordnete Preclinical Imaging ist mit separaten Applikationsprofilen mit den Bezeichnungen MRI Imaging, CT Imaging und Organ Segmentation verbunden. Forschende k\u00f6nnen mehrere Eintr\u00e4ge f\u00fcr ein bestimmtes Tier, das in ihren Experimenten verwendet wird, hinzuf\u00fcgen und die verschiedenen durchgef\u00fchrten Tests und die betroffenen Organe angeben. Diese Metadaten werden zusammen mit den Bildgebungsdateien in Coscine gespeichert.<\/p>\n

Automatisieren des Coscine-Prozesses<\/span><\/h3>\n

Da die Applikationsprofile auf die Bed\u00fcrfnisse der Forschenden bei der Datenverwaltung zugeschnitten sind, steht der Arbeitsablauf immer im Vordergrund der Aufmerksamkeit der Datenverantwortlichen. Das Ziel ist immer, die Daten so zu verwalten, dass die FAIR-Prinzipien<\/a> eingehalten werden, ohne den Forschenden \u00fcberfl\u00fcssige Hindernisse oder zus\u00e4tzliche Schritte in den Weg zu legen. Aus diesem Grund wird von der Coscine-Community eine Python-Bibliothek entwickelt und bereitgestellt, um eine effiziente Kommunikation mit und nach Coscine zu erm\u00f6glichen. Damit ist es m\u00f6glich, Dateien automatisch in Coscine hochzuladen, dabei auch Metadaten zu extrahieren und die erforderlichen Metadatenfelder im Applikationsprofil mit den entsprechenden Informationen auszuf\u00fcllen.<\/p>\n

Ein Beispiel<\/span><\/h3>\n

Es existiert bereits ein Applikationsprofil, welches f\u00fcr FACS<\/strong> (f<\/strong>luorescence-a<\/strong>ctivated c<\/strong>ell s<\/strong>orting)-Dateien verwendet wird. FACS-Dateien oder FCS-Dateien enthalten Rohdaten aus Durchflusszytometrie-Experimenten. Die Durchflusszytometrie ist eine Technik, die in Biologie und Medizin zur Analyse und Quantifizierung der physikalischen und chemischen Eigenschaften von Zellen oder Partikeln in einer Fl\u00fcssigkeitsprobe eingesetzt wird. FACS-Dateien folgen erfreulicherweise einem Standarddateiformat, das die Kompatibilit\u00e4t und Analyse mit speziellen Softwareprogrammen erleichtert.<\/p>\n

W\u00e4hrend in der ersten Laufzeit des SFB 1382 zusammen mit Forschenden ein Applikationsprofil f\u00fcr FACS erarbeitet wurde, liegt jetzt in der zweiten F\u00f6rderperiode (ab 1. Juli 2023) der Fokus auf eine effiziente Anbindung an Coscine, was durch ein eigenes Python-Skript erfolgen wird.<\/p>\n

Damit dies jedoch auch von Forschenden genutzt werden kann, die keine Python-Kenntnisse haben, wird an der Erstellung einer benutzerfreundlichen Webseite gearbeitet, die den Code automatisch im Hintergrund ausf\u00fchrt und die Dateien und Metadaten in Coscine l\u00e4dt. Diese Webseite stellt einen Zwischenschritt dar, um eine bestimmte Art von Daten zu verarbeiten. Im vorliegenden Fall werden Metadaten aus FACS-Dateien extrahiert und zusammen mit den Dateien in eine ausgew\u00e4hlte Ressource transferiert. Die Webseite wird zun\u00e4chst f\u00fcr den Kreis der Forschenden freigeschaltet, die sich mit FACS-Daten besch\u00e4ftigen.<\/p>\n

Um die Funktionen der Webseite zu nutzen, wird zun\u00e4chst gepr\u00fcft, ob die Forschenden berechtigte Nutzende von Coscine sind. Dies geschieht durch Eingabe des pers\u00f6nlichen Coscine-Tokens.<\/p>\n

Dieses Token<\/a> wird in Coscine generiert und ist f\u00fcr die maschinelle Nutzung von Coscine gedacht. Sobald die Nutzenden ihren Token auf der Webseite eingegeben haben, werden sie zur Projektseite weitergeleitet. Auf dieser Projektseite sind alle Projekte und Unterprojekte enthalten, denen die Nutzenden angeh\u00f6ren. Der Nutzenden k\u00f6nnen dann das Projekt und die Ressource ausw\u00e4hlen, in die sie ihre FACS-Dateien hochladen m\u00f6chten. Die Webseite l\u00e4dt eine Vielzahl von Dateitypen, wenn sie dem Format der FACS-Metadaten entsprechen und die erforderlichen Felder ausgef\u00fcllt sind. Wenn nach dem Hochladen der Datei in Coscine \u00c4nderungen erforderlich sind, k\u00f6nnen die Nutzenden diese in Coscine vornehmen.<\/p>\n

\"Coscine<\/a>

Applikationsprofil-Webseite
Quelle: Eigene Darstellung<\/p><\/div>\n

 <\/p>\n

 <\/p>\n

 <\/p>\n

 <\/p>\n

 <\/p>\n

 <\/p>\n

\"Coscine

Ressourcen f\u00fcr Applikationsprofil ausw\u00e4hlen Quelle: Eigene Darstellung<\/p><\/div>\n

Diese Upload-Webseite befindet sich noch in der Entwicklung, wobei das Ziel darin besteht, ihre Nutzung auf weitere Arten von Dateien auszuweiten, sodass andere Python-Skripte aufgerufen werden k\u00f6nnen, die Metadaten aus unterschiedlichen Dateien extrahieren. Um dies zu erm\u00f6glichen, ist geplant, dass auf der Startseite eine Auswahlliste erscheint, in der die Nutzenden die Art der Datei angeben k\u00f6nnen, die sie in Coscine hochladen m\u00f6chten. Die Nutzenden werden dann zu den entsprechenden Ressourcen weitergeleitet, die das f\u00fcr den Dateityp spezifische Applikationsprofil enth\u00e4lt. Anschlie\u00dfend werden dann die daf\u00fcr geeigneten Ressourcen aufgelistet.<\/p>\n

Sobald diese Webseite fertiggestellt ist, wird sie im Hintergrund eine Vielzahl von Codes ausf\u00fchren, um Metadaten zu extrahieren und Dateien problemlos in Coscine zu speichern. Auf diese Weise wird der Aufwand f\u00fcr die Forschenden reduziert und die FAIR-waltung von Forschungsdaten deutlich vereinfacht.<\/p>\n

 <\/p>\n

\"Erfolgreich<\/a>

Erfolgreich in Coscine hochgeladen!
Quelle: Eigene Darstellung<\/p><\/div>\n

<\/h3>\n

<\/h3>\n

 <\/p>\n

Mehr erfahren<\/span><\/h3>\n

Sie m\u00f6chten keine News \u00fcber Coscine mehr verpassen? Dann abonnieren Sie unsere\u00a0Mailingliste<\/a>\u00a0und besuchen Sie uns auf unserer\u00a0Webseite<\/a>. Umfassende Anleitungen zur Nutzung von Coscine finden Sie in unserer\u00a0Dokumentation<\/a>.<\/p>\n

Sie haben Fragen oder Feedback? Dann schreiben Sie eine Nachricht an das\u00a0IT-ServiceDesk<\/a>. Wir freuen uns auf Ihre Nachricht!<\/p>\n

________<\/p>\n

Verantwortlich f\u00fcr die Inhalte dieses Beitrags sind Catherine Gonzalez<\/a> und Arlinda Ujkani<\/a>.<\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Seit Kurzem steht in Coscine ein neues Applikationsprofil f\u00fcr Pr\u00e4klinische Bildgebung (Preclinical Imaging) zur Verf\u00fcgung. Was dieses Profil kann, wie es entstanden ist und wie es genutzt werden kann, erfahren […]<\/p>\n","protected":false},"author":3308,"featured_media":4030,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"c2c_always_allow_admin_comments":false,"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[600,148,601,65,133,40,502],"class_list":["post-5296","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-allgemein","tag-applikationsprofil","tag-coscine","tag-facs","tag-fair","tag-fair-prinzipien","tag-metadaten","tag-ressourcen"],"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5296","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/wp-json\/wp\/v2\/users\/3308"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=5296"}],"version-history":[{"count":24,"href":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5296\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":5327,"href":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5296\/revisions\/5327"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/wp-json\/wp\/v2\/media\/4030"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=5296"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=5296"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/blog.rwth-aachen.de\/forschungsdaten\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=5296"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}