Quelle: Eigene Darstellung
Seit Kurzem steht in Coscine ein neues Applikationsprofil für Präklinische Bildgebung (Preclinical Imaging) zur Verfügung. Was dieses Profil kann, wie es entstanden ist und wie es genutzt werden kann, erfahren Sie in diesem Blogbeitrag.
SFB 1382 Applikationsprofil
Innerhalb des Sonderforschungsbereiches 1382 Darm-Leber Achse haben Forschende und Data Stewards gemeinsam an einem Applikationsprofil gearbeitet, welches speziell für den Bereich Präklinische Bildgebung genutzt werden kann. Dieses Applikationsprofil ist einzigartig, da es mit drei weiteren Applikationsprofilen verbunden ist, um die Bildgebungsdaten für die Forschungsfrage zielgerichtet zu erfassen.
Das übergeordnete Preclinical Imaging ist mit separaten Applikationsprofilen mit den Bezeichnungen MRI Imaging, CT Imaging und Organ Segmentation verbunden. Forschende können mehrere Einträge für ein bestimmtes Tier, das in ihren Experimenten verwendet wird, hinzufügen und die verschiedenen durchgeführten Tests und die betroffenen Organe angeben. Diese Metadaten werden zusammen mit den Bildgebungsdateien in Coscine gespeichert.
Automatisieren des Coscine-Prozesses
Da die Applikationsprofile auf die Bedürfnisse der Forschenden bei der Datenverwaltung zugeschnitten sind, steht der Arbeitsablauf immer im Vordergrund der Aufmerksamkeit der Datenverantwortlichen. Das Ziel ist immer, die Daten so zu verwalten, dass die FAIR-Prinzipien eingehalten werden, ohne den Forschenden überflüssige Hindernisse oder zusätzliche Schritte in den Weg zu legen. Aus diesem Grund wird von der Coscine-Community eine Python-Bibliothek entwickelt und bereitgestellt, um eine effiziente Kommunikation mit und nach Coscine zu ermöglichen. Damit ist es möglich, Dateien automatisch in Coscine hochzuladen, dabei auch Metadaten zu extrahieren und die erforderlichen Metadatenfelder im Applikationsprofil mit den entsprechenden Informationen auszufüllen.
Ein Beispiel
Es existiert bereits ein Applikationsprofil, welches für FACS (fluorescence-activated cell sorting)-Dateien verwendet wird. FACS-Dateien oder FCS-Dateien enthalten Rohdaten aus Durchflusszytometrie-Experimenten. Die Durchflusszytometrie ist eine Technik, die in Biologie und Medizin zur Analyse und Quantifizierung der physikalischen und chemischen Eigenschaften von Zellen oder Partikeln in einer Flüssigkeitsprobe eingesetzt wird. FACS-Dateien folgen erfreulicherweise einem Standarddateiformat, das die Kompatibilität und Analyse mit speziellen Softwareprogrammen erleichtert.
Während in der ersten Laufzeit des SFB 1382 zusammen mit Forschenden ein Applikationsprofil für FACS erarbeitet wurde, liegt jetzt in der zweiten Förderperiode (ab 1. Juli 2023) der Fokus auf eine effiziente Anbindung an Coscine, was durch ein eigenes Python-Skript erfolgen wird.
Damit dies jedoch auch von Forschenden genutzt werden kann, die keine Python-Kenntnisse haben, wird an der Erstellung einer benutzerfreundlichen Webseite gearbeitet, die den Code automatisch im Hintergrund ausführt und die Dateien und Metadaten in Coscine lädt. Diese Webseite stellt einen Zwischenschritt dar, um eine bestimmte Art von Daten zu verarbeiten. Im vorliegenden Fall werden Metadaten aus FACS-Dateien extrahiert und zusammen mit den Dateien in eine ausgewählte Ressource transferiert. Die Webseite wird zunächst für den Kreis der Forschenden freigeschaltet, die sich mit FACS-Daten beschäftigen.
Um die Funktionen der Webseite zu nutzen, wird zunächst geprüft, ob die Forschenden berechtigte Nutzende von Coscine sind. Dies geschieht durch Eingabe des persönlichen Coscine-Tokens.
Dieses Token wird in Coscine generiert und ist für die maschinelle Nutzung von Coscine gedacht. Sobald die Nutzenden ihren Token auf der Webseite eingegeben haben, werden sie zur Projektseite weitergeleitet. Auf dieser Projektseite sind alle Projekte und Unterprojekte enthalten, denen die Nutzenden angehören. Der Nutzenden können dann das Projekt und die Ressource auswählen, in die sie ihre FACS-Dateien hochladen möchten. Die Webseite lädt eine Vielzahl von Dateitypen, wenn sie dem Format der FACS-Metadaten entsprechen und die erforderlichen Felder ausgefüllt sind. Wenn nach dem Hochladen der Datei in Coscine Änderungen erforderlich sind, können die Nutzenden diese in Coscine vornehmen.
Applikationsprofil-Webseite
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Ressourcen für Applikationsprofil auswählen Quelle: Eigene Darstellung
Diese Upload-Webseite befindet sich noch in der Entwicklung, wobei das Ziel darin besteht, ihre Nutzung auf weitere Arten von Dateien auszuweiten, sodass andere Python-Skripte aufgerufen werden können, die Metadaten aus unterschiedlichen Dateien extrahieren. Um dies zu ermöglichen, ist geplant, dass auf der Startseite eine Auswahlliste erscheint, in der die Nutzenden die Art der Datei angeben können, die sie in Coscine hochladen möchten. Die Nutzenden werden dann zu den entsprechenden Ressourcen weitergeleitet, die das für den Dateityp spezifische Applikationsprofil enthält. Anschließend werden dann die dafür geeigneten Ressourcen aufgelistet.
Sobald diese Webseite fertiggestellt ist, wird sie im Hintergrund eine Vielzahl von Codes ausführen, um Metadaten zu extrahieren und Dateien problemlos in Coscine zu speichern. Auf diese Weise wird der Aufwand für die Forschenden reduziert und die FAIR-waltung von Forschungsdaten deutlich vereinfacht.
Erfolgreich in Coscine hochgeladen!
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Verantwortlich für die Inhalte dieses Beitrags sind Catherine Gonzalez und Arlinda Ujkani.
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