Quelle: FDM-Team RWTH Aachen
Am 6. November 2025 besuchte das FDM-Netzwerk das Clavel Lab, um die Forschungsprozesse vor Ort kennenzulernen und zu erfahren, wie ein Data Steward die Datenmanagement-Anforderungen der Forschenden unterstützen kann. Der Besuch bot einen praxisnahen Einblick ins Labor und die damit verbundenen Herausforderungen im Forschungsdatenmanagement (FDM). Ein besonderer Schwerpunkt des Austauschs lag auf der Nutzung des elektronischen Laborbuchs (ELN) eLabJournal.
Forschungsaktivitäten im Clavel-Labor
Der menschliche Darm beherbergt eine große Vielfalt an Bakterien, die wichtige Funktionen erfüllen und damit eine wichtige Rolle für Gesundheit und Krankheit spielen. Das Clavel-Labor am Institut für Medizinische Mikrobiologie (Prof. Mathias Hornef) des Universitätsklinikums RWTH Aachen (UKA) untersucht, wie Darmbakterien verschiedene Wirte besiedeln und miteinander sowie mit ihrem Wirt interagieren. Das Forschungsteam analysiert das Darmmikrobiom von Menschen, Mäusen, Schweinen und Hühnern und isoliert einzelne Bakterienstämme. Auf diese Weise baut es umfassende öffentliche Sammlungen von Isolaten auf, die als Grundlage für Experimente in verschiedenen Forschungsinitiativen dienen können.
Ein Highlight des Labors ist eine einzigartige Hochdurchsatz-Kultivierungsplattform, die mit integrierten Instrumenten für die kontinuierliche und vollautomatische Isolierung und Analyse von Darmbakterien ausgestattet ist, die bei Kontakt mit Sauerstoff nicht überleben können.
Geführte Labortour
Dr. Nicole Treichel, Postdoktorandin im Clavel-Team, führte uns durch das Labor und stellte uns mehrere für ihre Arbeit wichtige Instrumente vor, darunter MALDI-TOF, HPLC und anaerobe Arbeitsstationen. Wir diskutierten die Arten von Daten, die jedes Gerät produziert, die verwendeten Formate und wie diese Dateien derzeit im Labor gespeichert und organisiert werden. Die Forschungsgruppe gab auch Einblicke in ihre Entdeckung neuartiger Bakterien und wie Sequenzdaten in internationalen Archiven wie dem European Nucleotide Archive (ENA), dem National Center for Biotechnology Information (NCBI) und der DNA Data Bank of Japan (DDBJ) hinterlegt werden.
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- Quelle: FDM-Team RWTH Aachen
Austausch und Diskussion
Nach der Labortour fand ein offener Austausch zwischen den Forschenden und dem FDM-Netzwerk statt. Eines der Themen waren elektronische Laborjournale (ELNs): Das Labor verwendet eLabJournal und implementiert zusätzliche Laborressourcen in das System, wie beispielsweise die Stammsammlungen und Probenbestände in den Gefrierschränken. Wir sprachen darüber, wie ELNs in ihre täglichen Arbeitsabläufe passen und welche Herausforderungen und Chancen sie in der Einführung dieser Systeme sehen.
Während der Diskussion sprachen beide Seiten offen über die Herausforderungen, denen Forschende begegnen – von der Handhabung unterschiedlicher Dateitypen über die konsistente Dokumentation bis hin zur benötigten Unterstützung durch RDM-Services. Gleichzeitig waren die Forschenden an der Perspektive des FDM-Personals interessiert und was nötig ist, um das FDM effizienter zu gestalten. Es entstand ein beidseitig produktiver Austausch mit dem Ziel, die jeweiligen Standpunkte zu verstehen und gemeinsam praktische Lösungen zu schaffen.
Der Besuch machte nicht nur die Komplexität der Datenlandschaft des Labors deutlich, sondern zeigte auch die große Bereitschaft zur Zusammenarbeit auf beiden Seiten. Wir freuen uns auf den weiteren Dialog mit dem Clavel-Labor und die Möglichkeit, bei der Weiterentwicklung seiner Daten-Workflows Impulse zu geben.
Unterstützung durch einen Data Steward
Die Forschergruppe wird durch einen Data Steward bei der Weiterentwicklung ihrer FDM-Prozesse unterstützt. Catherine Gonzalez wird im Rahmen der DFG-geförderten Projekte CRC 1382 Gut-Liver Axis und NFDI4Microbiota als Data Steward finanziert. Innerhalb der Clavel-Gruppe unterstützt sie die ELN Task Force bei der Einrichtung von eLabJournal. Darüber hinaus hilft sie den Forschenden bei der Nutzung der FDM-Plattform Coscine, indem sie die Extraktion und den Upload von Metadaten automatisiert und so die sichere Speicherung von Forschungsdaten erleichtert.
Catherine Gonzalez ist Mitglied im FDM-Netzwerks der RWTH, das Data Stewards, das zentrale FDM-Team sowie Forschende mit Interesse oder Engagement im Bereich des FDM vereint. Das Netzwerk steht allen Mitgliedern der RWTH Aachen offen, die sich über FDM-Praktiken austauschen, Wissen teilen, Feedback und Inspiration erhalten, gemeinsam lernen und Lösungen entwickeln möchten.
Weitere Informationen
Bei Fragen zu Themen rund um die Themen ELN und FDM stehen wir Ihnen jederzeit gerne zur Verfügung. Das FDM-Team freut sich über Ihre Nachricht und hilft Ihnen gerne weiter!
Verantwortlich für die Inhalte dieses Beitrags sind Catherine Gonzalez und Ute Trautwein-Bruns.
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