Quelle: FDM-Team RWTH Aachen
Am 6. November besuchte das FDM-Netzwerk das Clavel Lab, um die Forschungsprozesse vor Ort kennenzulernen und zu erfahren, wie ein Data Steward die Datenmanagement-Anforderungen der Forschenden unterstützen kann. Der Besuch bot einen praxisnahen Einblick ins Labor und die damit verbundenen Herausforderungen im Forschungsdatenmanagement (FDM). Ein besonderer Schwerpunkt des Austauschs lag auf der Nutzung des elektronischen Laborbuchs (ELN) eLabJournal.
Forschungsaktivitäten im Clavel-Labor
Im Darm leben unzählige Bakterien, die zahlreiche lebenswichtige Funktionen erfüllen und entscheidend für die menschliche Gesundheit sind. Das Clavel Lab am Institut für Medizinische Mikrobiologie des Universitätsklinikums der RWTH Aachen (UKA) extrahiert und analysiert das Mikrobiom von Menschen, Mäusen, Schweinen und Hühnern. Es trägt damit zu umfassenden Sammlungen öffentlich verfügbarer Bakterienstämme bei, die als Grundlage für Experimente in zahlreichen Forschungsprojekten dienen.
Darmbakterien sind anaerob und überleben keinen Sauerstoffkontakt, was ihre Erforschung besonders herausfordernd und aufwendig macht. Ein besonderes Highlight des Labors ist eine weltweit einzigartige Anaerobenkammer, die mit integrierten Geräten für die kontinuierliche und vollautomatische Isolierung und Analyse von Darmbakterien ausgestattet ist.
Geführte Labortour
Dr. Nicole Treichel, Postdoktorandin am UKA, führte uns durch das Labor und stellte zentrale Geräte vor, darunter die MALDI-, HPLC- und Isomic-Systeme. Wir erfuhren, welche Arten von Daten von den verschiedenen Geräten erzeugt werden, in welchen Formaten sie vorliegen und wie diese Daten aktuell im Labor gespeichert und organisiert werden. Das Forscherteam berichtete über die Entdeckung neuer Bakterien und erklärte, wie Sequenzdaten in internationalen Archiven wie dem European Nucleotide Archive (ENA), dem National Center for Biotechnology Information (NCBI) und dem DNA Data Bank of Japan (DDBJ) abgelegt werden.
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- Quelle: FDM-Team RWTH Aachen
Austausch und Diskussion
Nach der Labortour fand ein offener Austausch zwischen den Forschenden und dem FDM-Netzwerk statt. Ein zentrales Thema dabei waren elektronische Laborbücher: Das Labor befindet sich aktuell in der Implementierung von eLabJournal. Es wurde diskutiert, wie ELNs in den täglichen Arbeitsablauf integriert werden können und welche Chancen und Herausforderungen die Einführung mit sich bringt.
Während der Diskussion sprachen beide Seiten offen über die Herausforderungen, denen Forschende begegnen – von der Handhabung unterschiedlicher Dateitypen über die konsistente Dokumentation bis hin zur benötigten Unterstützung durch RDM-Services. Gleichzeitig waren die Forschenden an der Perspektive des FDM-Personals interessiert und was nötig ist, um das FDM effizienter zu gestalten. Es entstand ein beidseitig produktiver Austausch mit dem Ziel, die jeweiligen Standpunkte zu verstehen und gemeinsam praktische Lösungen zu schaffen.
Der Besuch machte nicht nur die Komplexität der Datenlandschaft des Labors deutlich, sondern zeigte auch die große Bereitschaft zur Zusammenarbeit auf beiden Seiten. Wir freuen uns auf den weiteren Dialog mit dem Clavel-Labor und die Möglichkeit, bei der Weiterentwicklung seiner Daten-Workflows Impulse zu geben.
Unterstützung durch einen Data Steward
Die Forschergruppe wird durch einen Data Steward bei der Weiterentwicklung ihrer RDM-Prozesse unterstützt. Catherine Gonzalez wird im Rahmen der Projekte CRC 1382 Gut-Liver Axis und NFDI4Microbiota als Data Steward finanziert. Innerhalb der Clavel-Gruppe unterstützt sie die ELN Task Force bei der Einrichtung von eLabJournal. Darüber hinaus hilft sie den Forschenden bei der Nutzung der FDM-Plattform Coscine, indem sie die Extraktion und den Upload von Metadaten automatisiert und so die sichere Speicherung von Forschungsdaten erleichtert.
Catherine Gonzalez ist Mitglied im FDM-Netzwerks der RWTH, das Data Stewards, das zentrale FDM-Team sowie Forschende mit Interesse oder Engagement im Bereich des FDM vereint. Das Netzwerk steht allen Mitgliedern der RWTH Aachen offen, die sich über FDM-Praktiken austauschen, Wissen teilen, Feedback und Inspiration erhalten, gemeinsam lernen und Lösungen entwickeln möchten.
Weitere Informationen
Bei Fragen zu Themen rund um die Themen ELN und FDM stehen wir Ihnen jederzeit gerne zur Verfügung. Das FDM-Team freut sich über Ihre Nachricht und hilft Ihnen gerne weiter!
Verantwortlich für die Inhalte dieses Beitrags ist Ute Trautwein-Bruns.
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